時值大正十二年，東京的夜晚，那些將會出現。他們是潛藏在黑暗中，啜飲人類鮮血的吸血鬼，在更久遠的時代就隱身居住在這個世界。陸軍內部創設了第十六特務隊來管理他們，通稱「零機關」。這個部隊是中島中將為了對抗近代化列強諸國的情報戰而創設，但眼下零機關的任務，是對應暗藏在東京的吸血鬼事件。被分配到此項工作的是──最強人類的前田義信大佐，國內等級最高的吸血鬼且機關新人栗棲秀太郎，智力是規格外的山上德一，從江戶時代就存在至今的須和（暫譯，原文スワ），喜愛未衰老大腦的瘋狂科學家竹內（暫譯，原文タケウチ）。──以上，是零機關實行部隊的成員。不斷增加的吸血鬼們，暗中行動的影子，神秘人工血液的存在，冷眼靜觀這些事態的是，雖然年齡超過300歲，外表卻與小孩無異的S等級吸血鬼戴夫羅特（暫譯，原文デフロット）。零機關今日，穿梭于大正浪漫的夜晚之中。
