時值大正十二年，東京的夜晚，那些將會出現(xiàn)。他們是潛藏在黑暗中，啜飲人類鮮血的吸血鬼，在更久遠的時代就隱身居住在這個世界。陸軍內(nèi)部創(chuàng)設(shè)了第十六特務(wù)隊來管理他們，通稱「零機關(guān)」。這個部隊是中島中將為了對抗近代化列強諸國的情報戰(zhàn)而創(chuàng)設(shè)，但眼下零機關(guān)的任務(wù)，是對應(yīng)暗藏在東京的吸血鬼事件。被分配到此項工作的是──最強人類的前田義信大佐，國內(nèi)等級最高的吸血鬼且機關(guān)新人栗棲秀太郎，智力是規(guī)格外的山上德一，從江戶時代就存在至今的須和（暫譯，原文スワ），喜愛未衰老大腦的瘋狂科學(xué)家竹內(nèi)（暫譯，原文タケウチ）。──以上，是零機關(guān)實行部隊的成員。不斷增加的吸血鬼們，暗中行動的影子，神秘人工血液的存在，冷眼靜觀這些事態(tài)的是，雖然年齡超過300歲，外表卻與小孩無異的S等級吸血鬼戴夫羅特（暫譯，原文デフロット）。零機關(guān)今日，穿梭于大正浪漫的夜晚之中。
