2020年，網絡對于如今人們的生活而言已經是不可或缺的一部分。但是，人類所不知道的是，在網絡的另一面有著一個無限的世界——數碼世界，以及居住在其中的數碼獸……以首都圈為中心發生了大規模網絡故障，亂閃的信號燈、亂碼的室外屏幕……新聞上報道是網絡恐怖襲擊。故事的主人公是住在東京近郊高層公寓的小學五年級生八神太一。為了準備周末的夏令營而一個人留在家中，去澀谷的母親和妹妹八神光乘上了一輛無法停止的電車。為了救母親和妹妹，太一急忙趕往澀谷，當他前往車站月臺的瞬間發生了不可思議的現象，太一去了數碼世界！孩子們與搭檔數碼獸相遇，一同面對未知的“冒險”！
