西元1999年，一顆不明的巨大「流星」墜落在地球上。之後調查證實這其實是一艘外星人的宇宙船，之後世界的某些強國為了將其修復並彌補墜落時對地球環(huán)境所造成的破壞（還得掩蓋掉這個外星船墜落的事實），而組成了統(tǒng)合政府。並由地球統(tǒng)合軍將其改造成為全長1200公尺的超大型主力戰(zhàn)艦，命名為「馬克羅斯」（MACROSS，德文「大宇宙」之意）。其間人類卻也歷經統(tǒng)合派與反統(tǒng)合派國家陣營的分裂，在綿延的爭戰(zhàn)中馬克羅斯的改修則仍然持續(xù)著。直到10年後，在馬克羅斯舉行正式起用下水典禮的當天，在月球軌道附近突然發(fā)現(xiàn)有大規(guī)模的時空跳躍反應。而此時馬客羅斯艦上的主炮竟自動發(fā)射，並擊中在月球出現(xiàn)的外星艦隊觀測艦！事已至如此頓時成了趕鴨子上架，不把對方惹毛才是怪事……於是統(tǒng)合軍只好展開接戰(zhàn)，並讓馬克羅斯升空啟航，以轉移敵方注意。青年一條輝陰錯陽差的坐上了統(tǒng)合軍的戰(zhàn)機捲入戰(zhàn)鬥，並救起了一位名叫林明美的少女，且與艦上女軍官早賴未沙的不吵不相識……被稱為「第一次宇宙大戰(zhàn)」的這場人類對異星人的戰(zhàn)爭就此揭開了序幕。而圍繞在輝、明美與未沙之間的感情糾葛，卻也開始介入了戰(zhàn)事的發(fā)展之中，甚而成為主導後來歷史走向的契機……
