自那之后已經(jīng)過去了5年。Amazon幾乎被驅(qū)除，世界趨于和平。但是被Amazon細(xì)胞感染的普通人Amazon化的現(xiàn)象在持續(xù)發(fā)生擴大，為此政府組成了新組織4C，秘密驅(qū)除Amazon化的人類。其中，幼年時期被Amazon養(yǎng)大的少年·千翼變身假面騎士AmazonNeo與Amazon戰(zhàn)斗。但在被生來的吃人沖動所驅(qū)使的他的面前出現(xiàn)的是，變身為烏鴉Amazon并作為生物兵器戰(zhàn)斗的少女·優(yōu)。對于這樣的優(yōu)，他第一次沒有產(chǎn)生“想吃”的想，并被她吸引著。而優(yōu)的真面目是被Amazon化的父親殺死后，作為Sigma型而復(fù)活的Amazon。
