"魔界樹篇自和黑暗帝國一戰后，本應已死的月野兔、水野亞美、火野麗、木野真琴、愛野美奈子和地場衛，在銀水晶的幫助下復活，不過他們已經喪失過去作戰時的記憶，重新開始平凡的生活。某夜，神秘的大洞出現在十番街，外星人巖和安帶著魔界樹來到地球，并以兄妹銀河星十郎、銀河夏美的身份入讀十番中學。巖和安的生命之源魔界樹正日漸枯萎，他們于是派手下卡魔人四處收集能量。巖和安本是情侶，但卻分別愛上小兔和阿衛，使四人的關系變得復雜。因為卡魔人的出現，小兔首先被露娜喚醒記憶，再次成為愛與正義的戰士，保衛地球。小兔不想讓其它人再度作戰，努力想靠自己一人之力戰斗。一次亞美等人受襲，阿兔被卡魔人卷起，露娜被逼得恢復了四戰士的記憶，于是美少女戰士再度集合，為愛與正義而戰。雖然水手服戰士的記憶是回復了，但阿衛仍未回復記憶，小兔于是出盡方法令阿衛記起她。現在戰斗時已沒有了夜禮服假面的幫忙，卻出現了一個神秘人月影騎士，也經常幫助水手服戰士。小兔的胸針被卡魔人打碎后，又把銀水晶鑲進去，獲得了更強的月水晶威力。魔界樹快要枯死了，安發現它對小兔的能量有反應，于是命卡魔人把小兔捉住，獻給魔界樹，使它吸收小兔的能量。小衛巧合地和小兔同被魔界樹捉住，魔界樹吸收他們的能量后，開始急速膨脹，它的樹枝把整幢大廈包圍了，四位戰士也來到，要救小兔和阿衛。小兔和阿衛互相關心對方，巖和安妒忌他們的親密，攻擊二人……黑月帝國篇神秘少女小小兔從天而降，并用魔法使月野一家相信她是小兔的表妹，從此寄住月野家。小衛突然要和小兔分手，小兔大為緊張，用盡方法只想再和小衛在一起。小小兔的目的原來是要找尋銀水晶，救她的媽媽。她同時又被神秘的黑月帝國一族追殺，她每次被逼到無路可逃時，都會發出強大的能量，戰士們于是能夠朝能量發出的方向去救她。五位戰士再度掌握新必殺技，對抗敵人。敵人中的魔界四姐妹，分別也擁有和四戰士相似的力量，常常和戰士們激戰。四姐妹開始對黑月帝國的做事方法產生疑惑，加上她們的上司宇伯魯斯對待她們的殘酷手段，終于令她們改邪歸正，在戰士們的幫助下，重獲新生。神秘新戰士水手冥王星登場，使戰士們對小小兔有更深的認識。經過一番波折，阿衛終于擺脫心魔，再度和小兔在一起。輸送黑暗能量的暗黑之門完成，小小兔也帶著眾戰士穿越時空，到達未來的水晶東京。在那里，戰士們知道了黑月帝國的野心，也得知小小兔的真正身份--小兔和阿衛的女兒。小小兔獨自走出水晶宮殿，被黑月帝國的瓦斯曼迷惑，錯信父母和其它戰士都不愛她，于是接受黑暗能量，變成黑暗淑女。黑月帝國狄曼特王子和沙菲爾王子被瓦斯曼殺死，瓦斯曼的野心完全暴露出來。在瓦斯曼的迷惑和戰士們的真愛下，小小兔的思緒開始極度混亂，瓦斯曼見她動搖，把她和小兔、阿衛用黑暗力量包圍起來，三人處境危險，小兔仍然想方法令小小兔醒悟.小兔和阿衛用自己全部的力量不惜生命要喚醒小小兔，小小兔最終回憶起大家的好，恢復了原樣，并決定為這個世界和未來的世界盡自己的努力。最終兩個兔子用現在和未來的兩顆銀水晶打敗瓦斯曼拯救了地球。最終世界和平，小小兔也回到了恢復正常的未來世界。"
