現在，全世界所有人都在使用的智能手機App。那里潛藏著無人知曉的存在·Applimonster，通稱“Appmon”。Appmon是具備能夠自主思考行動的人工智能的App生命體，在人類世界與數碼空間的間隙中，為系統及人類發揮著機能。但，潛藏在網絡之海中的“兇惡的最終BOSS人工智能·利維坦”化作病毒控制了Appmon們，并開始黑入各個系統，企圖從網絡一側控制人類的世界。主人公少年·新海春，獲得了被偉大的意志引導的“App驅動”，并使來自“App芯片”的搜索App·GATCHIMON實體化了。隱藏在“App驅動”中的謎團，處在Appmon所潛藏的網絡世界與現實世界之間的不可思議的“場”，以及2只Appmon進化的“App合體”到底是什么？“利維坦”真正的目標究竟是……！？愛好讀書的少年春，與搜索App的怪獸·GATCHIMON這一對凸凹組合，奔馳于現代世界的新感覺搭檔物語，現在啟動！
