面積占東京都西部1/3、人口超過230萬、八成以上由學(xué)生組成的學(xué)園都市，尖端科技發(fā)展迅速，超能力開發(fā)已經(jīng)深入到城市的各個(gè)角落。超能力水平高達(dá)Level5的御坂美琴（佐藤利奈配音）如往常一樣和初春飾利（豐崎愛生配音）、白井黑子（新井里美配音）等好友過著平凡的日子，間或熱血爆發(fā)挫敗各種擾亂城市的陰謀。某天，在調(diào)查一起現(xiàn)今卡事件時(shí)她邂逅了長點(diǎn)上機(jī)學(xué)園的布束砥信（葉山郁美配音），從而得知用美琴的DNA大批量復(fù)制超能力者的“量產(chǎn)型能力者計(jì)劃”。不安定的氣氛在都市角落肆意蔓延……本片為鐮池和馬（原作）、冬川基（作畫）的原作《魔法禁書目錄》的外傳漫畫第二季TV動(dòng)畫。
