自從蓋塔射線被發現并作為一種重要的能源被廣泛使用以來，人類已經經歷了大半個世紀，但是，神秘的外星生物Inventor（來訪者）自月面開始侵襲地球，人類瀕臨危機。于是，人們自發制造了大量的SuperRobot去應戰，終于擊退了這些怪物。隨著早乙女博士的死亡，世界蓋塔射線的研究權威機構——早乙女研究所漸漸被廢棄，當年殺害博士的元兇，就是原蓋塔隊隊長——流龍馬，如今已經被判處無期徒刑，處于監禁中，曾作為戰爭中擁有最強大力量的蓋塔隊也就此解散。一日，原蓋塔隊成員——巴武藏和車弁慶在運送軍方重要物資的時候，于山路上再度遇見了消失多時的Inventor，并受到了截擊，巴武藏駕駛蓋塔三號機應戰，酣戰多時，中途卻被一巨大的機器人攻擊，它全身深紅，背后生有惡魔的翅膀，它是弒神者——真蓋塔。并不知情的武藏被打成重傷，而真蓋塔也同時收拾掉了Inventor，強大的力量令人咋舌，而操縱者，竟然是原本應該在３年前死去的早乙女博士。到底是怎么回事呢？Inventor侵攻地球的謎團，蓋塔射線的秘密，即將要揭曉了。！
