在這個世界中，除了人類和妖怪外，還存在著另一個物種——人類和妖怪結合產生的返祖妖怪。由于其不純正的血統，返祖妖怪經常會被同類驅逐甚至追殺，因此，一間專門為返祖妖怪提供庇護的“妖館”應運而生。在妖館中，每一個返祖妖怪都會配有一位被稱為SS的護衛，白鬼院凜凜蝶（日高里菜配音）和御狐神雙熾（中村悠一配音）的故事就由此開始。在妖館中，還居住著另一些有趣的住客。性格優哉游哉但其實有著意外細膩內心的反之冢連勝（細谷佳正配音）和他的護衛雪小路野薔薇（日笠陽子配音）；不良正太渡貍卍里（江口拓也配音）和他的護衛夏目殘夏（宮野真守配音）；狂放不羈甚至有些變態的青鬼院蜻蛉（杉田智和配音）和他倒霉的護衛髏髏宮歌留多（花澤香菜配音）。在和這些同類相處的過程中，凜凜蝶找回了久違的快樂，同時，返祖妖怪們丟失的記憶也逐漸的浮出了水面。
