分隔在兩個世界的愛力克兄弟二人，使用各自的手段嘗試著兄弟再會。哥哥愛德華穿過“門”來到真實世界。公元1923年的德國慕尼黑，一場世界大戰即將到來。無法在這個世界使用煉金術的愛德華，與長相酷似弟弟的青年愛爾凡斯一起研究火箭的科技，希望借助火箭回到原來的世界。另一邊的煉金術世界，弟弟阿爾馮斯修行煉金術，打扮宛若曾經的愛德華，與國家煉金術士們一起尋找找回哥哥的方法。而暗地中，慕尼黑的一個神秘組織開始了尋找理想國“香巴拉”的儀式，連接煉金術世界與現實世界的“門”被打開了。兄弟二人的命運與兩個世界的危機交織在一起，愛力克兄弟要面對前所未有的挑戰。
