時間進入2020年，地球人與天頂星人戰斗已經結束經年。以瑞克·卡特（RickHunter配音）為首的遠征軍正在集結，太空堡壘3號（SDF-3）業已完工，新的時代即將來臨。但是遠征軍的計劃進行的頗為艱難，由于要帶走地球上幾乎全部的武裝，軍隊內部爭議重重。除此之外，瑞克還將面對個人問題。他即將和戰爭伴侶麗莎（MelanieMacQueen配音）步入婚姻殿堂，與明美的愛戀也要隨之落下帷幕。另一方面，由于天頂星人叛變與落敗，機器人統治者離開泰洛星前往地球。在這一時刻，瑞金特率領的因維艦隊入侵泰洛星，旨在尋找生命之花。瑞吉斯不滿瑞金特的魯莽舉動，決定撇開他獨自行動，新時代的戰爭由此拉開序幕……本片為《太空堡壘》劇場版第二部。
