故事講述的是在近未來的某個時間，人們已經不生存在自然世界中，而是生活在Romdo（穹頂）里；人類不需要感情的存在，只要遵守秩序，就能成為良好市民，維持生命。故事從移民Vincent來到穹頂開始，他的監護人Re-I是個美麗的警局工作人員，同時也是穹頂最高執政者的孫女。Vincent到來后不久，穹頂就發生了多起殺人事件，并有許多autoreiv被感染（autoreive為智能型機器人，有工作型、伴侶型、寵物型等等，所謂的感染即是被cogito侵蝕，簡單來說就是產生了自我意識和情感），Re-I著手調查此事，新上任的警備局局長Raul也帶著他的autoreiv出動。在此期間，Vincent的autoreiv感染死亡，并出現巨大的怪物追擊他；Re-I在自己家中被怪物襲擊，驚嚇過度被送進醫院。灰暗的畫面，瑣碎的情節，支離地構筑起Romdo的管理執法體系以及錯綜的人物關系；直到Vincent被當作違法者，而他又誤會Re-I出賣了自己，心灰意冷之下，明白自己無法成為良好市民的他逃離了Romdo用在旁人看來是自殺一樣的方法。之后，故事出現了轉機，令人驚訝的發現原來世界上并不只有Romdo的存在。Vincent開始了尋找自我的旅行，雖然一開始他根本沒意識到自己和別人有何不同，帶著被感染的寵物型autoreiv Pino，被穹頂外的人們所救，和他們一起與企圖消滅他們的機器戰斗，驚喜地發現Re-I竟然來尋找自己，目擊戰斗中人們的死亡，讓謊言變成現實。請活著的人送因為無法適應外界空氣的Re-I回穹頂，而他，選擇出走，帶著Pino，乘著風船，那是一只不畏前途險惡的兔子。旅途中，Vincent遇到形形色色的被稱作Proxy的人物，也逐漸明白自己亦是Proxy，不是人類，卻不愿承認。Re-I為了揭開穹頂的秘密再次找到Vincent，帶著困惑，帶著可以殺死Proxy的武器。戰戰兢兢的，不是害怕被殺死卻仍將武器還給Re-I的Vincent(男主），不是失去了自己的autoreiv和王子的美女姐姐（女主)，也不是喜歡穿狐貍套裝學會了快樂和難過的天真少女（Pino）；戰戰兢兢的，是觀眾，揣摩著Vincent和Re-I若即若離的情感，猜測著Romdo的命運。當最后Pino一把抓住從崩壞的穹頂中跳下的Re-I時，懸著的心放下了一半；當Re-I笑著說要去接Vincent時，故事迎來了結局，和另一種意義上的開始
