《攻殼機動隊2015劇場版》講述公元2029年3月，日本總理大臣暗殺事件出現。在聞所未聞的恐怖襲擊中，草薙素子曾從屬的501機關的上司庫露茲也成為了被害者。戰后最兇惡的事件爆發，素子等人立刻開始搜査。隨著調查深入，素子開始追查犯人頭目，為此，她召集曾合作過的能人異士。這些人大多從未有過團隊合作的經驗，因此最初并不順利，但即使如此，大家也一點點揭示出事件的真相。在大使館中發生的人質事件、總理大臣暗殺事件的背后，他們發現了一種特殊的電腦病毒fire starter，隨后大家發現，這件事與素子誕生的秘密有關當理解恐怖事件的全貌之時，素子等怪人集團也陷入危機，漸漸走入絕境，此時素子向大家下令：聽從自己的GHOST。這便是后來以STAND ALONE TEAM聞名的攻殼機動隊誕生的故事。
