三年前的那場事故使得涼宮遙以及鳴海孝之的人生發生了巨大的變化。遙昏睡了整整三年即便是蘇醒后的短時間內記憶也一直是處在混亂狀態。孝之因為遙的事故而深受打擊過著茫然自失的生活。但是全靠了速瀨水月獻身性的努力雖然幾經周折但還是振作了起來現在在Family‐restaurant——Skytemple打工中。遙也找回了記憶病情也康復了馬上就能夠出院了。隨后在遙出院的當天孝之以及好朋友平慎二遙的父親宗一郎以及遙的妹妹茜一起前往醫院迎接出院了的遙。但是在那里并沒有出現一直支撐著孝之甚至想到過了結婚的水月的身影…
