在百子成功渡過地表入侵，山地基因危機，Ari智能危機以及天幕輻射危機的5年后，天空人和小oHeda領導的地表人又回到了地面。在重建家園的時候，意外發現大戰前美國國防建立的海底智能化基地由于備用供電終止，浮出水面。在探索后發現，基地并沒有幸存者。在修好了供電設備后，天空人進入了海底基地的控制系統，原來這是在冷戰時期就開始研發的太空戰基地，之所以修在海底是為了安全和保密。海底基地可以接入還在運行的軍事衛星，意外發現美國已經偷偷和宇宙的神族文明取得了聯系，神族文明的外交艦隊已在百年前出發，現在已進入銀河系的邊緣。神族文明發現地球文明已經不復存在。同時ari當時備份在宇宙空間站的系統錯誤判定神族文明的來意，希望他們能幫助人類重建家園。然而神族文明卻已開始了殖民地球的計劃。外交艦隊的任務是消滅地球殘留文明建立新的秩序。天空人和地表人將如何利用地球倒退的文明擊敗宇宙神族將是本季的亮點。基本劇情設定，神族文明也是碳基生物，具有和人類相似的外形，其武器也是基于量子力學開發的，只不過比人類當年科技全勝的要先進。神族文明當年和地球文明互相發現后，認為地球文明的科技具有爆炸性，未必能在到達地球后仍保持技術領先，不過由于對于未知世界的好奇，他們派出了2艘星艦和1w名神族戰士的外交艦隊。
