故事設定在一個從未出現過奧特曼與怪獸的地球上。某天，一名外星人意外從宇宙墜落，他手持有著象征身份的紅色宇宙回旋鏢“奧美迦頭鏢”，并有著“究極”的稱號。失去過往記憶的外星人 “奧美迦” 化身為地球人模樣，被人稱為“宙人”。初到地球的宙人，對人類充滿好奇，積極主動地接觸和了解這些陌生的生命體。當神秘巨型生物接連出現時，塵封的記憶碎片被喚醒，宙人認出這些生物正是記憶中的 “怪獸”。面對怪獸的威脅，強烈的使命感驅使他變身成為奧美迦奧特曼，與怪獸展開戰斗。與此同時，地球上的人類對突然現身的巨型生物，以及手持紅色頭鏢與之戰斗的巨人充滿疑惑。為探尋真相，人類開始從各個角度觀察這位神秘巨人。隨著故事推進，來自外星的宙人與一位普通青年逐漸成為并肩作戰的伙伴。作品將通過他們之間的羈絆與經歷，深度探索 “奧特曼為何要守護地球” 這一問題的答案。現在正是覺醒之時。
