距離假面騎士圣刃的變身者神山飛羽真等一眾劍士們拼命拯救世界已經過去8年的時光。飛羽真收養了因卷入大戰而失去父母的少年小陸。他的好友間宮和編輯須藤芽依也一起幫忙照顧。飛羽真想彌補小陸失去的父愛，但是卻無法治愈他的創傷，已經11歲的他仍然沒有露出笑容。另一方面成為翻譯家的富加宮賢人即將與立花結菜結婚，正過著充實的每一天。但是，就在此時，在劍士們的身邊開始發生了奇怪的事情，圣劍的持有者接連消失。正在新堂倫太郎開始調查此事時，假面騎士霸劍驚異塞壬突然現身。解除變身后的篠崎真二郎自稱是倫太郎的父親，讓倫太郎心煩意亂。此外，賢人碰上了霸劍，小陸放學未歸，前往尋找小陸的飛羽真也遭到了霸劍的襲擊。驚異塞壬奇幻駕馭書中隱藏著怎樣可怕的力量？時光荏苒，等待飛羽真一行人的是最大最后的苦難！
