《黑客帝國動畫版》由9段以《黑客帝國》系列電影世界觀為基礎生發出的短片組成，各篇的角度與風格各異，制作班底匯聚了日本、美國、韓國三地的動畫精英。《機器復興》講述了MATRIX的歷史。機器人不堪人類惡劣對待，終于反抗并將人類化為能源。《少年故事》講述一名少年突然收到來自網絡的召喚，而大批黑衣人開始對他展開圍捕。《虛擬程序》展示了一對男女在虛擬訓練程序中的片斷。《世界紀錄》描寫一位短跑運動員在接近突破人類極限時終被系統牢牢控制。《超越極限》敘述因為系統錯誤，平靜的街區中出現了一片超常區域。《偵探故事》描寫一位偵探被步步引領著試圖擺脫系統的桎梏。《矩陣化》講述一只機器人被人類捕獲并馴化的故事。《終極戰役》記錄了一艘飛船毀滅的經過。
