舞臺是象征理性的「青之世界」，然而正在遭受由本能支配的「紅之世界」的生命體NightflyO’Note的襲擊與侵略。17歲的主人公麻黃Akira就職為青之世界研究員，隨后因為能力出眾而被提拔為最前線的戰(zhàn)斗指揮官，受命負(fù)責(zé)橫跨石垣島和西表島而構(gòu)成的對位相外防衛(wèi)機(jī)關(guān)，通稱「琉球LAG」。在那里她遇見了在第五戰(zhàn)斗單元經(jīng)過激戰(zhàn)而全軍覆滅之后，于四年前成立的第六戰(zhàn)斗單元「IS」的學(xué)生們。主人公作為教官，率領(lǐng)著又稱「ScaredRiderXechs」的6名騎手（Rider），共同浴血奮戰(zhàn)，應(yīng)對來自異世界的攻擊和威脅。在這樣的生活中，他們的友情也在逐漸加深。
